Le président est nommé pour un mandat d'une durée de cinq ans renouvelable une fois, par décret du Président de la République pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures publié au Journal officiel de la République française.
Il est choisi parmi les personnalités ayant une compétence scientifique dans les domaines d'activité de l'école.
Chaque candidat à la fonction de président présente à l'appui de sa candidature un projet pour l'établissement.
Le ministre chargé de l'enseignement supérieur demande à une commission qu'il a constituée un avis motivé sur les candidatures qu'il a retenues. Cette commission comprend de huit à douze membres nommés par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur. Elle est composée de personnalités scientifiques françaises et étrangères choisies en raison de leur compétence dans les disciplines correspondant aux missions de l'école, et de deux personnalités extérieures membres du conseil scientifique de l'école.
Les fonctions de président sont incompatibles avec l'exercice, au sein de l'école, de fonctions électives au conseil d'administration et au conseil scientifique et de fonctions de directeur d'institut, de département, de laboratoire de recherche et de service.