Le directeur général du Groupe est choisi parmi les administrateurs de l'INSEE ou les inspecteurs généraux de l'INSEE après avis du conseil d'administration. Il est nommé pour cinq ans par décret. Il peut être renouvelé une fois dans ses fonctions pour la même durée.
Les directeurs des écoles, les directeurs des centres de formation, les directeurs des centres de recherche et le secrétaire général sont nommés pour trois ans renouvelables par arrêté du ministre chargé de l'économie pris sur proposition du directeur général du Groupe.