L'établissement du titre de recettes et le recouvrement des redevances prévues aux articles L. 213-10-2, L. 213-10-8 et L. 213-10-12 peuvent être confiés à une agence de l'eau, désignée par décret. Le directeur et l'agent comptable de cette agence exercent les missions de contrôle et de recouvrement mentionnées aux articles L. 213-11 à L. 213-11-15.
Le reversement à chaque agence de l'eau des sommes collectées auprès des redevables de sa circonscription intervient dans les soixante jours suivant leur encaissement. Pour les frais d'assiette et de recouvrement, l'agence chargée du recouvrement perçoit, selon la redevance concernée, entre 0,1 % et 2 % du montant ainsi reversé. Le taux des frais d'assiette et de recouvrement et les modalités d'application du présent article sont fixés par décret en Conseil d'Etat.