Le Conseil supérieur de la mutualité comprend trois commissions spécialisées :
1. La commission des affaires générales qui gère le Fonds national de solidarité et d'action mutualiste (FNSAM). Cette commission comprend huit membres.
2. La commission de l'agrément qui délibère sur les demandes d'agrément présentées par les mutuelles et unions du livre II. Cette commission est composée de sept membres.
3. La commission de la réglementation, du rapport et des études qui délibère sur les demandes d'avis relatives à tout projet de texte législatif ou réglementaire relatif au fonctionnement des mutuelles, unions et des fédérations ainsi que tout projet de règlement ou de directive communautaire ayant le même objet avant son examen par le Conseil de l'Union européenne. Elle est également chargée d'établir la proposition de rapport qui rend compte des activités du Conseil supérieur de la mutualité. Elle débat des bonnes pratiques applicables au fonctionnement des mutuelles. Elle établit la proposition de rapport annuel. La validation des rapports et des documents est effectuée par le conseil. La commission est composée de onze membres.
Ces commissions bénéficient, dans l'intervalle des séances plénières, d'une délégation permanente concernant leurs attributions.