Les ressources de la section d'investissement sont également constituées de la part d'investissement de la dotation de rattrapage et de premier équipement, ainsi que des versements au titre du Fonds de compensation pour la taxe sur la valeur ajoutée selon les dispositions prévues aux articles L. 1615-1 à L. 1615-10. Elles peuvent être abondées notamment par des subventions de l'Etat et de la collectivité départementale de Mayotte.
Ces ressources sont destinées à financer des projets d'investissements communaux ou intercommunaux dans les domaines de la voirie, de l'éclairage public, des grosses réparations des écoles, de l'adduction d'eau potable, de la collecte et du traitement des déchets, de l'assainissement et des équipements culturels et sportifs.