Le préfet est chargé, pour le compte de l'organisme payeur, de l'instruction des dossiers de demande de droits à paiement unique et de paiement de l'aide au revenu prévus au règlement (CE) n° 73/2009 du Conseil du 19 janvier 2009 susmentionné.
Les modalités d'exercice de ces missions sont établies par convention conclue entre le ministre chargé de l'agriculture et l'organisme payeur.