Le fonds est doté d'un conseil de surveillance et d'un directoire.
Un décret en Conseil d'Etat fixe la composition du conseil de surveillance, constitué de membres du Parlement, de représentants des assurés sociaux désignés par les organisations syndicales interprofessionnelles représentatives au plan national, de représentants des employeurs et travailleurs indépendants désignés par les organisations professionnelles d'employeurs et de travailleurs indépendants représentatives, de représentants de l'Etat et de personnalités qualifiées.
Sur proposition du directoire, le conseil de surveillance fixe les orientations générales de la politique de placement des actifs du fonds en respectant les principes de prudence et de répartition des risques compte tenu de l'objectif et de l'horizon d'utilisation des ressources du fonds, notamment les obligations de versements prévues à l'article L. 135-6. Il contrôle les résultats, approuve les comptes annuels et établit un rapport annuel public sur la gestion du fonds.
Lorsque la proposition du directoire n'est pas approuvée, le directoire présente une nouvelle proposition au conseil de surveillance. Si cette proposition n'est pas approuvée, le directoire met en oeuvre les mesures nécessaires à la gestion du fonds.
Le fonds est doté d'un directoire composé de trois membres dont le directeur général de la Caisse des dépôts et consignations qui en assure la présidence. Les membres du directoire autres que le président sont nommés par décret pour une durée de six ans, après consultation du conseil de surveillance.
Le directoire assure la direction de l'établissement et est responsable de sa gestion. Il met en oeuvre les orientations de la politique de placement. Il contrôle le respect de celles-ci et en particulier leur adéquation avec les obligations de versements prévues à l'article L. 135-6. Il en rend compte régulièrement au conseil de surveillance et retrace notamment, à cet effet, la manière dont les orientations générales de la politique de placement du fonds ont pris en compte des considérations sociales, environnementales et éthiques.