Le conseil d'administration doit être composé, à concurrence de la moitié au moins, de membres représentant les collectivités et établissements publics intéressés.
Lorsqu'un établissement public a été créé pour l'aménagement d'une agglomération nouvelle, les présidents des syndicats d'agglomération nouvelle sont membres de droit du conseil d'administration de cet établissement public, en sus de la représentation statutaire des collectivités locales intéressées. Dans le cas où l'établissement public a été créé pour l'aménagement de plusieurs agglomérations nouvelles au sens de la loi n° 83-636 du 13 juillet 1983 portant modification du statut des agglomérations nouvelles, un décret détermine la répartition des sièges revenant aux représentants de ces agglomérations nouvelles.
Les membres du conseil d'administration peuvent être suspendus de leurs fonctions par l'autorité chargée du contrôle de l'établissement. Ils peuvent être révoqués par arrêté interministériel. Le conseil d'administration peut être dissous par décret motivé pris en Conseil d'Etat.