L'Institut national de la santé et de la recherche médicale est administré par un conseil d'administration présidé par le président de l'institut, nommé par décret en conseil des ministres, sur proposition conjointe du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la santé, pour une durée de quatre ans renouvelable une fois. La limite d'âge qui lui est applicable est fixée à soixante-huit ans.
Le président de l'institut assure la direction générale de l'établissement. Il est assisté d'un ou de plusieurs directeurs généraux délégués.
L'institut comprend un conseil scientifique et des commissions scientifiques spécialisées.
Il est doté de personnels propres de recherche.