La gestion du fonds de continuité territoriale est confiée à l'Agence de l'outre-mer pour la mobilité.
Une convention passée entre l'Agence de l'outre-mer pour la mobilité et le ministre chargé de l'outre-mer précise les conditions dans lesquelles l'Agence assure la gestion, le versement et le contrôle des aides versées, et, sans préjudice des dispositions prévues à l'article 3, les modalités par lesquelles elle rend compte de l'exécution de ces aides. Cette convention précise notamment les modalités de gestion des aides dans les collectivités où l'Agence de l'outre-mer pour la mobilité n'est pas représentée.