Le fonctionnement financier et comptable de l'établissement est assuré dans les conditions prévues par le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et par le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant réglementation générale de la comptabilité publique.
La comptabilité de l'établissement est distincte de celle de la Caisse des dépôts et consignations.