Le directeur du service gestionnaire des trafics et des circulations est nommé, pour cinq ans, par décret du Premier ministre sur proposition du ministre chargé des transports et après avis de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires. Il ne peut être mis fin de manière anticipée à ses fonctions, le cas échéant à la demande du président de la Société nationale des chemins de fer français, que dans l'intérêt du service, par décret du Premier ministre et après avis conforme de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires.
Le directeur du service gestionnaire des trafics et des circulations ne peut être membre du conseil d'administration de la Société nationale des chemins de fer français. Les personnels employés par le service ne peuvent recevoir d'instruction que du directeur ou d'un agent placé sous son autorité.