Le directeur général de Voies navigables de France est nommé par décret, sur le rapport du ministre chargé des transports, après avis du conseil d'administration.
Il met en œuvre la politique arrêtée par le conseil d'administration, assure l'exécution de ses délibérations et exerce les compétences que ce dernier lui délègue.
Après accord du conseil d'administration, il peut confier aux agents et aux représentants locaux de l'établissement certaines de ses attributions propres et certaines des compétences que le conseil d'administrations lui a déléguées.