Les crédits nécessaires au fonctionnement de l'Autorité de contrôle des nuisances aéroportuaires sont inscrits au budget général de l'Etat sur proposition du ministre chargé de l'aviation civile.
Les dispositions de la loi du 10 août 1922 relative à l'organisation du contrôle des dépenses engagées ne sont pas applicables à leur gestion.
Le président de l'autorité est ordonnateur des dépenses. Il présente les comptes de l'autorité au contrôle de la Cour des comptes.