La couverture des charges est assurée par des cotisations assises sur les rémunérations perçues par les personnels navigants au cours d'une année civile, dont le taux et le mode de calcul sont fixés par voie réglementaire, dans la limite d'un plafond. Pour le calcul des cotisations, est pris en compte le salaire brut après déduction des indemnités afférentes aux activités au sol indépendantes de la fonction de navigant et des indemnités représentatives de frais.
Ces cotisations sont pour partie à la charge de l'employeur et pour partie à la charge du salarié.
S'agissant des personnels navigants visés au troisième alinéa de l'article L. 6527-1, le salaire brut peut être majoré en fonction du pays d'exercice, si le salarié, ou l'entreprise, en fait la demande, d'une fraction du plafond annuel de calcul des cotisations de la sécurité sociale en vigueur déterminée par voie réglementaire sans pouvoir dépasser le plafond prévu au premier alinéa ci-dessus, sous réserve de l'approbation du conseil d'administration. Les cotisations sont à la charge du salarié. Elles peuvent également être prises en charge, en tout ou en partie, pour le compte du salarié, par son employeur.