En fonction des risques qu'il identifie au regard notamment de la soutenabilité financière de l'établissement, le contrôleur saisit le directeur de l'établissement de ses observations. Il peut dans ce cadre mettre en place un programme annuel d'examen a posteriori, qu'il communique à l'établissement. Il peut également procéder à tout moment à l'examen a posteriori d'un acte particulier. A sa demande, l'établissement est tenu de lui communiquer les informations, les données ou documents nécessaires.
Le contrôleur peut, en concertation avec l'établissement et, le cas échéant, sur sa proposition, mettre en place un renforcement des contrôles pour une durée limitée.