Le contrôleur a entrée avec voix consultative aux instances délibérantes de l'établissement ainsi qu'aux instances tenant lieu de comité d'audit. Il est associé aux commissions de l'établissement orientant les décisions en matière de gestion des ressources humaines, de marchés, d'investissements et de systèmes d'information.
Il peut être consulté par le directeur général sur tout projet d'arrêté ou de décisions susceptibles d'entraîner des répercussions directes ou indirectes sur les finances de l'établissement ainsi que sur les propositions budgétaires.