Subordonné au directeur de l'enseignement militaire, le collège interarmées de défense est dirigé par un officier général qui dispose :
1° D'une direction de l'enseignement avec à sa tête un officier général qui est son adjoint et le supplée en cas d'absence ou d'empêchement ;
2° D'un bureau "organisation et affaires internationales" ;
3° D'un centre de simulation pour la formation, l'entraînement et l'expérimentation, dont la compétence s'exerce également au profit d'autres organismes du ministère de la défense.