Le conseil de l'enseignement militaire supérieur se réunit au moins une fois par an sur convocation de son président.
Le président fixe l'ordre du jour des réunions et peut faire appel à toute personne susceptible, en raison de ses compétences, d'éclairer le conseil sur cet ordre du jour. Dans ce cadre, les directeurs des organismes de formation de l'enseignement militaire supérieur peuvent être invités à y participer.
Le conseil peut également se réunir à la demande de l'un des chefs d'état-major d'armée, du directeur général de la gendarmerie nationale, de l'un des directeurs centraux des services interarmées, du délégué général pour l'armement ou du directeur des affaires juridiques concernant la justice militaire.
Le directeur de l'enseignement militaire supérieur y rend compte de la mise en œuvre de la politique générale de l'enseignement militaire supérieur et propose les éventuels aménagements de cette politique pour améliorer la cohérence d'ensemble et la réponse aux besoins de l'état-major des armées, des états-majors d'armée, de la direction générale de la gendarmerie nationale, des directions centrales des services interarmées, de la direction générale de l'armement et de la direction des affaires juridiques concernant la justice militaire.
Après avoir recueilli l'avis des membres du conseil de l'enseignement militaire supérieur, le président décide des objectifs généraux de l'enseignement militaire supérieur, en termes d'enseignement, de recherche, de rayonnement et de documentation ainsi que des ressources à y consacrer.