Le secrétaire général de l'institut est soit officier général, soit professeur des universités, soit haut fonctionnaire civil de rang correspondant au moins à celui d'administrateur civil.
Il est choisi parmi les hauts fonctionnaires civils ou les professeurs d'université si le directeur de l'institut est un officier général, et parmi les officiers généraux si le directeur est un professeur des universités.
Il assiste le directeur dans l'exécution de sa mission et est chargé plus particulièrement des missions relatives au fonctionnement de l'institut.