Le régime financier et comptable de l'Ecole nationale supérieure maritime est fixé par les articles L. 719-4 à L. 719-6 du code de l'éducation et par le décret pris pour leur application.
Les droits de scolarité pour les diplômes nationaux auxquels l'école prépare sont fixés par un arrêté conjoint des ministres chargés de la mer et du budget.
L'école est soumise au contrôle financier a posteriori prévu par l'article L. 719-9 du code de l'éducation. Ce contrôle est exercé par le directeur des finances publiques de la région du siège de l'établissement.