L'Ecole nationale supérieure maritime est composée de centres, créés par arrêtés du ministre chargé de la mer. Les activités de l'école sont organisées en départements de formation, pôles et laboratoires de recherche, et services créés par délibération du conseil d'administration. Les laboratoires de recherche peuvent être externes à l'école dans le cadre de partenariats avec d'autres centres de recherche publics ou privés.