Le service des essences des armées est dirigé par un directeur central, ingénieur général des essences.
Il est assisté d'un directeur central adjoint, qui le remplace en cas d'absence ou d'empêchement, ainsi que d'un adjoint, chef de la division « études ― organisation ― pilotage ».
Le directeur central dispose, outre d'un chef de cabinet et d'un officier de sécurité des systèmes d'information central, de trois conseillers :
a) Un contrôleur technique des oléoducs, chargé d'exercer le contrôle technique des oléoducs intéressant ou relevant du ministère de la défense ;
b) Un conseiller à la sécurité « transport des marchandises dangereuses », chargé de l'expertise et de la réglementation technique au profit du ministère de la défense ;
c) Un délégué aux réserves.