Les délibérations du conseil d'administration, sous réserve des conditions ci-après mentionnées concernant les délibérations à caractère budgétaire, deviennent exécutoires dans un délai de quinze jours suivant la réception des procès-verbaux par le recteur de l'académie de Strasbourg, à moins que celui-ci n'en autorise l'exécution immédiate. Dans ce délai, le recteur de l'académie de Strasbourg peut s'opposer à l'exécution d'une délibération et demander au conseil de délibérer de nouveau. Il peut procéder à l'annulation d'une délibération qui lui paraîtrait entachée d'irrégularité dans un délai d'un mois à compter de la date à laquelle il a signalé son opposition. Si aucune décision n'intervient dans ce délai, l'opposition est levée de plein droit.
Les délibérations à caractère budgétaire sont réputées approuvées si le recteur de l'académie de Strasbourg n'a pas fait connaître son refus de les approuver dans les quinze jours suivant la réception des procès-verbaux. En cas de refus, le conseil d'administration dispose d'un mois pour délibérer à nouveau. A défaut de nouvelle délibération ou lorsque le budget n'est pas adopté en équilibre réel, il est arrêté par le recteur de l'académie de Strasbourg. Le budget doit être adopté au 1er mars et, au plus tard, dans le délai de deux mois à compter de la notification de la dotation allouée pour son fonctionnement. A défaut, il est arrêté par le recteur de l'académie de Strasbourg.
Toutefois, les délibérations portant sur les emprunts, les acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles sont soumises à l'approbation du trésorier-payeur général de région territorialement compétent et du recteur de l'académie de Strasbourg.