Le recteur de l'académie de Paris est président du conseil d'administration de l'établissement, et les recteurs des académies de Créteil et de Versailles en sont vice-présidents.
En cas d'empêchement du président, le conseil est présidé par le plus ancien en fonction des deux vice-présidents. Le président et les vice-présidents ne peuvent se faire représenter pour assurer la présidence du conseil d'administration.