L'ensemble des subventions publiques versées au titre du projet d'investissement présenté par le demandeur doit respecter les règles d'encadrement communautaire et national des aides aux investissements fixés notamment dans le PDRH, et les règles d'articulation avec les organisations communes de marché (OCM).
Dans le cas des projets de méthanisation, l'ensemble des subventions publiques versées doit respecter les règles d'encadrement communautaires et nationales des aides aux investissements ainsi que les règles définies par chaque financeur.
L'aide attribuée au titre du PPE n'est cumulable ni avec l'aide accordée au titre des programmes opérationnels mis en œuvre dans le cadre des OCM ni avec des aides accordées par d'autres dispositifs inscrits dans les contrats de projets Etat-Région 2007-2013 (CPER) ou hors CPER, ni avec les aides accordées pour le même projet dans le cadre du dispositif 121 C 2 du programme de développement rural hexagonal. L'aide attribuée au titre du plan de performance énergétique n'est pas cumulable avec la bonification d'intérêt accordée au titre d'un prêt bonifié. Cette règle ne s'applique pas aux prêts accordés au titre des aides à l'installation et aux prêts accordés aux CUMA.