Un comité d'orientation est consulté sur les grandes lignes du programme d'action de l'agence ; il peut émettre des avis sur toute question touchant au fonctionnement et à l'activité de l'agence.
Il réunit les représentants des autorités responsables de transport, des usagers, des transporteurs et des autres acteurs du domaine concerné.
La composition du comité d'orientation est fixée par une décision du directeur général des infrastructures, des transports et de la mer. Le comité d'orientation se réunit au moins trois fois par an.
Le secrétariat du comité d'orientation est assuré par le personnel de l'agence.