Chaque programme est organisé de manière modulaire.
La durée minimale de la scolarité pour chaque programme est la suivante :
― programmes géosciences pétrolières option géologie, géosciences pétrolières option géophysique, développement et exploitation des gisements, énergie et procédés, motorisations option énergie et motorisation, motorisations option groupe motopropulseur, énergie et produits, énergie et marchés : onze mois ;
― programmes géosciences et ingénierie de réservoir, procédés et polymères, économie et management du pétrole, du gaz et de l'énergie : seize mois.
Pour les étudiants n'ayant pas validé d'expérience professionnelle avant leur admission à l'école ou lors d'un stage intégré à la scolarité, la scolarité est prolongée de quatre mois dans le cadre d'une insertion industrielle.
Pour les élèves de grandes écoles ou d'universités européennes effectuant, dans le cadre d'une convention passée avec leur établissement d'origine, leur dernière année à l'école, ainsi que pour les élèves en géosciences d'origine universitaire et pour les élèves de la promotion supérieure du travail, une scolarité complémentaire doit être effectuée, portant la durée totale de la scolarité à vingt-deux mois pour l'obtention du diplôme d'ingénieur. Le programme et l'organisation de cette scolarité complémentaire sont définis après avis du conseil de perfectionnement.
Ce complément de scolarité fait l'objet d'une validation sous la forme d'un rapport intermédiaire et d'un rapport final rédigés par l'élève ingénieur, ainsi que d'une soutenance finale en présence d'au moins un professeur de l'école et, dans la mesure du possible, de représentants de la structure d'accueil. Le thème étudié doit correspondre à une activité d'ingénieur et présenter un lien direct avec les objectifs de la formation préalablement suivie à l'école.