La commission ferroviaire d'aptitudes se réunit dans son ensemble pour faire des études et des recommandations et répondre à toute question se rapportant au dispositif de suivi des aptitudes physique et psychologique des conducteurs de train et à l'évolution de la réglementation.
Elle institue dans son règlement intérieur des formations adaptées, notamment pour instruire les affaires relevant de l'agrément des médecins et des psychologues ainsi que les recours portant sur les certificats d'aptitudes physique et psychologique des conducteurs de train. Le règlement intérieur prend en compte les exigences du secret médical.
En cas d'égalité des voix lors d'un vote, la voix du président est prépondérante.
Son secrétariat est assuré par les services du ministère chargé des transports.