Chaque année, le préfet de région reçoit une notification du montant régional des ICHN qui peuvent être accordées aux demandeurs en fonction des crédits disponibles. Un acompte représentant 75 % du montant calculé de l'indemnité peut être versé à l'issue des contrôles administratifs et à partir du 15 septembre de l'année de la campagne. Un arrêté du préfet de département ou, pour la Corse, du président du Conseil exécutif fixe un coefficient stabilisateur déterminant le montant définitif de l'indemnité de chaque bénéficiaire.