Chaque service scientifique est administré par un conseil élu et dirigé par un directeur nommé par le président de l'Observatoire de Paris, sur proposition du conseil du service et après avis du conseil d'administration et du conseil scientifique.
Les élections au conseil du service scientifique ont lieu selon les modalités prévues par le règlement intérieur du service scientifique approuvés par le conseil d'administration. Les personnels peuvent exercer leur droit de vote dans deux services ou dans un service et un département. Ils peuvent être élus au conseil d'un département et au conseil d'un service.