Le directeur fait l'objet d'une évaluation annuelle ou, si la mission est d'une durée inférieure à un an, au terme de celle-ci. L'évaluation est conduite soit par le directeur général de l'agence régionale de santé, soit par le préfet de département, selon la catégorie d'établissement.
L'évaluation repose sur un entretien entre le directeur et l'une ou l'autre de ces autorités. Elle donne lieu à un compte rendu écrit, faisant état des résultats obtenus au regard des objectifs assignés. Le compte rendu est signé par le directeur intéressé et l'autorité chargée de l'évaluation qui le transmet au directeur général du Centre national de gestion pour information.