Le conseil d'administration est composé, dans les conditions et suivant les modalités déterminées par un décret en Conseil d'Etat :
Pour moitié : de membres désignés par les collectivités locales et par les chambres de commerce et d'industrie territoriales de la circonscription du port autonome de Paris, ainsi que de représentants du personnel de ce port ; le nombre de représentants des collectivités locales sera au moins égal au tiers du nombre des membres du conseil d'administration ;
Pour moitié : de membres représentant l'Etat et de personnalités choisies parmi les principaux usagers du port ou désignées en raison de leur compétence dans les problèmes portuaires, de la navigation, des transports, de l'économie régionale et de l'économie générale.
Les membres autres que ceux désignés par les collectivités locales et par les chambres de commerce et d'industrie territoriales sont nommés par décret sur proposition du ministre de l'équipement et du logement.
Les représentants du personnel de l'établissement public sont choisis sur les listes établies par chacune des organisations syndicales les plus représentatives.
Le conseil d'administration élit un président choisi parmi ses membres.