S'il apparaît au contrôleur que la gestion de l'agence remet en cause le respect du plafond des emplois autorisés de l'agence, la soutenabilité de l'exécution budgétaire ou la couverture des charges obligatoires ou inéluctables, il en informe l'ordonnateur par écrit. L'ordonnateur lui fait connaître dans la même forme les mesures qu'il envisage de prendre pour y remédier.
Le contrôleur peut, en concertation avec l'ordonnateur et le cas échéant sur sa proposition, mettre en place un renforcement des contrôles pour une durée limitée. Il en rend compte au ministre chargé du budget.