Il peut être dérogé aux spécifications techniques d'interopérabilité lorsque leur application risque de compromettre la viabilité économique d'un projet.
Cette dérogation peut également être accordée lorsque le gabarit, l'écartement ou l'entraxe des voies, ou la tension électrique prévus par les spécifications techniques d'interopérabilité sont incompatibles avec les caractéristiques techniques de la ligne existante.
La demande de dérogation est adressée, lors de la phase initiale de définition du projet, au ministre chargé des transports et à l'EPSF qui fait connaître son avis au ministre dans un délai de deux mois. Elle présente les spécifications retenues ainsi que les spécifications techniques d'interopérabilité auxquelles le demandeur souhaite déroger.
S'il est favorable à l'octroi de la dérogation, le ministre chargé des transports transmet la demande dans un délai de trois mois à la Commission européenne. Il informe le demandeur de cette transmission ainsi que des suites que lui a données la Commission. Une demande non transmise dans ce délai est réputée rejetée. En l'absence de réponse de la Commission dans les six mois suivant la transmission par le ministre de la demande de dérogation, celle-ci est réputée acceptée.