L'affectation, en présence de tous les étudiants, offre une possibilité de modifier la simulation effectuée pendant les phases de saisie des voeux par procédure informatisée. Elle se déroule de la façon suivante :
Les candidats sont convoqués chaque jour, par tranche en fonction du rang de classement.
Chaque candidat, appelé par rang de classement, choisit son affectation qui devient alors définitive.
Si à l'appel de son nom, un candidat est constaté absent et s'il a émis des voeux d'affectation, le premier voeu possible est retenu pour son affectation définitive. Lorsque la discipline comporte plusieurs spécialités, l'étudiant ou interne exprime le pré-choix d'une des spécialités au sein de la discipline, dans la limite des postes d'interne offerts conformément au deuxième alinéa de l'article 10 du décret du 16 janvier 2004 modifié susvisé. Toutefois, en cas de retard, il a la possibilité de choisir son affectation immédiatement après le dernier candidat appelé à choisir, dans sa tranche. Dans ce cas, il fait connaître expressément à l'administration sa décision de renoncer au bénéfice de l'affectation prononcée en fonction de ses voeux. Son choix se substitue à l'affectation prononcée précédemment.