L'affectation suivant le processus informatisé se déroule de la façon suivante :
Le directeur du centre national de gestion définit sur son site internet la période pendant laquelle s'effectue l'affectation définitive des candidats.
Chaque jour, par tranche de rang de classement dite tranche active, l'affectation définitive des candidats concernés est prononcée. Elle prend en compte le rang de classement, les vœux exprimés pendant les deux premières phases et la mention du pré-choix de spécialité effectué le cas échéant.
Elle est mise en ligne en fin de journée sur internet.
Si un candidat souhaite que son affectation intervienne à un moment ne correspondant pas à son rang de classement, il fait connaître à la direction générale du centre national de gestion, par écrit, avant le début de la troisième phase, sa décision et précise ce moment qui se situera après un candidat ayant un rang de classement supérieur au sien.
Aucune affectation ne peut être prononcée lorsque le candidat, dont le deuxième cycle des études médicales a été validé, n'a pas émis de vœux et ne s'est pas connecté au système. Toutefois, il a la possibilité, en cours de phase, de demander à être rattaché à une tranche active suivante. Dans ce cas, il fait connaître expressément à la direction générale du centre national de gestion sa décision. Son affectation sera prononcée en priorité dans la tranche active à laquelle il a demandé à être rattaché.
Tous les candidats non encore affectés ont communication des postes non attribués et ont la possibilité de modifier leurs vœux.
Un candidat qui n'a pas pu obtenir une affectation en raison de l'insuffisance du nombre des vœux qu'il a exprimés sera affecté sur un poste constaté disponible après affectation du dernier candidat de la liste.