Une prime liée aux compétences certifiées peut être attribuée aux agents régis par le décret du 31 décembre 2003 susvisé qui obtiennent un certificat interne de compétences approfondies, qui a pour objet de valider et de certifier un effort particulier de développement de compétences dans un des domaines d'expertise intéressant le Pôle emploi et définis par décision du directeur général.
Le montant forfaitaire de la prime varie selon le niveau du certificat acquis.
L'agent qui a obtenu un premier certificat peut, tous les deux ans, présenter une candidature pour en préparer un nouveau.