L'agence de l'eau mène, outre les missions définies à l'article L. 213-8-1, une politique foncière de sauvegarde des zones humides approuvée par le comité de bassin.
A ce titre, elle peut attribuer des aides à l'acquisition par des conservatoires régionaux d'espaces naturels, par des collectivités territoriales, leurs groupements ou des établissements publics de parcelles composant ces zones.
L'agence de l'eau peut acquérir ou faire acquérir des parcelles dans les zones humides à des fins de lutte contre l'artificialisation des sols et de valorisation, notamment agricole.
Sur les terrains admissibles au régime de paiement unique au titre de l'article 33 du règlement (CE) n° 73/2009 du Conseil du 19 janvier 2009 établissant des règles communes pour les régimes de soutien direct en faveur des agriculteurs dans le cadre de la politique agricole commune et établissant certains régimes de soutien en faveur des agriculteurs, modifiant les règlements (CE) n° 1290/2005, (CE) n° 247/2006 et (CE) n° 378/2007, et abrogeant le règlement (CE) n° 1782/2003, ces acquisitions sont réalisées par le biais du droit de préemption des sociétés d'aménagement foncier et d'établissement rural visé à l'article L. 143-1 du code rural et de la pêche maritime sur proposition de l'agence de l'eau.
Sur les autres terrains, ces acquisitions sont réalisées par l'agence de l'eau dans les conditions prévues pour les acquisitions du Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres par les articles L. 322-3 à L. 322-6, L. 322-7 et L. 322-8 du présent code. Ces acquisitions ne peuvent toutefois porter sur des parcelles situées dans le champ d'intervention du conservatoire, tel que défini aux I et III de l'article L. 322-1.
Si les parcelles acquises par l'agence de l'eau font l'objet d'un bail à ferme, le preneur ne peut faire usage des possibilités qui lui sont ouvertes par l'article L. 411-29 du code rural et de la pêche maritime qu'après en avoir averti l'agence et, le cas échéant, la collectivité ou l'organisme auquel elle en a confié la gestion, au plus tard un mois avant la date prévue pour cette opération, par lettre recommandée avec demande d'avis de réception. Le preneur notifie sans délai à l'agence de l'eau ou au gestionnaire toute demande d'autorisation ou toute déclaration faite en application des articles L. 214-2 et L. 214-3 du présent code portant sur les parcelles en cause.
Lors du renouvellement du bail, l'agence de l'eau peut proposer au fermier des clauses tendant à la conservation du caractère humide des parcelles ainsi acquises. Le renouvellement du bail peut être refusé si tout ou partie de ces clauses ne sont pas acceptées. En ce cas, le fermier a droit à une indemnité à hauteur du préjudice qu'il subit.