A l'exception des installations terminales embranchées, ont vocation à devenir des voies ferrées portuaires les voies ferrées, ainsi que leurs équipements et accessoires, exploitées par la Société nationale des chemins de fer français (SNCF) à la date d'entrée en vigueur de la présente ordonnance, à l'intérieur de la circonscription des ports autonomes ou des limites administratives des autres ports, qui ne relèvent pas du réseau ferré national et qui participent à la desserte de la zone portuaire.
Pour chaque port, la répartition des voies et des installations entre le réseau ferré national et les voies ferrées portuaires vise à faciliter l'organisation de la desserte ferroviaire du port. Elle est fixée par une convention de répartition entre l'autorité portuaire, Réseau ferré de France et la SNCF avant le 31 mars 2006 pour les ports autonomes et avant le 1er juillet 2007 pour les autres ports.
La convention de répartition précise la description des voies et des points d'échange, les limites foncières et les limites de gestion et d'entretien.
Les charges d'entretien et de gestion imputées à l'autorité portuaire du fait de cette répartition font l'objet d'une compensation. La compensation est déterminée forfaitairement en tenant compte du type des voies transférées, de leur longueur, des catégories d'équipements et accessoires qui s'y rattachent et des coûts correspondant à l'entretien et à la gestion de ces biens. Cette compensation ne donne lieu à aucune perception d'impôts, de droits ou de taxes de quelque nature que ce soit.
La convention de répartition fixe le montant total de la compensation et la fraction incombant respectivement à Réseau ferré de France et à la SNCF. Elle détermine également les conditions de partage entre l'autorité portuaire, Réseau ferré de France et la SNCF du coût de l'éventuelle remise en état de ces voies et de leurs équipements.
La convention de répartition peut préciser également les modalités de transfert progressif, sur une période d'un an, des responsabilités de maintenance et de gestion de ces voies, de la SNCF à l'autorité portuaire.
A défaut de signature de la convention de répartition avant les dates prévues au deuxième alinéa, l'autorité ministérielle arrête la répartition dans le respect des objectifs définis au présent article, fixe la date à laquelle la répartition entre en vigueur et le montant des compensations et coûts de remise en état incombant respectivement à l'autorité portuaire, à Réseau ferré de France et à la SNCF.