L'internat d'excellence de Montpellier est dirigé par un chef d'établissement, administré par un conseil d'administration et une commission permanente. Il comporte un comité d'excellence, présidé par le recteur d'académie, et un conseil pédagogique.
Le chef d'établissement est nommé parmi le corps des personnels de direction régi par le décret du 11 décembre 2001 susvisé.