Trois sous-directions sont chargées de la réglementation, de la lutte contre la fraude, du pilotage des contrôles, du contentieux et de la fiscalité :
La sous-direction D
Affaires juridiques, contentieux, contrôle et lutte contre la fraude
Elle est chargée des études juridiques pour les services douaniers, de l'élaboration des textes législatifs et réglementaires et de la politique du contentieux douanier.
Elle conçoit et élabore l'orientation, la méthodologie et l'évaluation de l'ensemble des contrôles opérés par les agents des douanes.
Elle élabore les stratégies opérationnelles et oriente l'action des services en matière de lutte contre la fraude et les trafics illicites. Dans ce domaine, elle prépare et organise la coopération avec les autres administrations nationales et étrangères.
Elle coordonne et met en œuvre la politique douanière dans ses domaines de compétence aux niveaux européen et international.
Elle est chargée de la politique agricole commune en matière douanière, notamment en participant à l'élaboration de la réglementation et à la méthodologie des contrôles.
La sous-direction E
Commerce international
Elle contribue à l'accompagnement du commerce international, à la régulation des échanges et coordonne la politique de douane économique.
Elle coordonne l'action de la douane en matière de protection des consommateurs et de l'environnement. Elle gère les embargos sanitaires et commerciaux.
Elle participe à l'élaboration et à la mise en œuvre des textes législatifs et réglementaires relatifs à certaines restrictions d'ordre public.
Elle élabore la réglementation et met en œuvre la politique de circulation et de dédouanement des marchandises.
Elle participe à la gestion de la politique commerciale et met en œuvre les accords internationaux, notamment les accords de l'Union européenne avec les pays tiers.
Elle contribue à l'élaboration et met en œuvre les textes réglementaires relatifs à l'espèce, à la valeur en douane, à l'origine des marchandises et au remboursement de la dette douanière communautaire ainsi que les dispositions douanières concernant la propriété intellectuelle.
Elle a en charge la procédure d'agrément des commissionnaires en douane.
La sous-direction F
Droits indirects
Elle est chargée de toutes les questions ayant trait à la fiscalité et aux droits indirects et participe à la préparation des lois de finances (recettes) et des textes à caractère fiscal.
Elle participe à l'élaboration et au contrôle des réglementations relatives aux transports maritimes, terrestres, fluviaux et aériens.
Elle prépare les législations et réglementations applicables aux produits énergétiques, notamment les huiles minérales, ainsi qu'à la fiscalité des activités polluantes et veille à leur mise en oeuvre.
Elle établit et assure le suivi des réglementations relatives aux différents domaines des contributions indirectes (notamment secteurs de la viticulture, des alcools, des tabacs, des eaux minérales, des céréales, du sucre, de la garantie des matières d'or, d'argent et de platine).