Au terme du plan de développement de l'exploitation et avant l'échéance de la sixième année d'installation, le préfet contrôle sa réalisation en s'appuyant sur les documents comptables et fiscaux communiqués par le bénéficiaire des aides. Il vérifie notamment la qualité d'agriculteur à titre principal ou secondaire du bénéficiaire, le statut de l'exploitation, le développement des activités prévues, la main-d'œuvre présente sur l'exploitation, le respect du plan de financement. En cas de difficultés conjoncturelles, le bénéficiaire doit apporter les justificatifs adaptés.
En outre, pour l'application du dernier alinéa de l'article D. 343-18-2 du code rural et de la pêche maritime, le préfet vérifie que la moyenne du revenu professionnel global annuel du bénéficiaire des aides à l'installation, appréciée sur les cinq années du plan, n'est pas supérieure à trois fois le salaire minimum interprofessionnel de croissance, net de prélèvements sociaux.