En cas de non-respect des conditions d'octroi et des engagements fixés à l'article 12 autres que ceux visés à l'article 20 et sauf cas de force majeure défini par le règlement n° 1974/2006, le bénéficiaire doit rembourser le montant d'aide versé, majoré des intérêts au taux légal en vigueur et assorti d'une pénalité égale à 3 % du montant d'aide perçu ou à percevoir, dans la limite du montant de l'amende prévu à l'article 131-13 du code pénal pour les contraventions de cinquième classe.
Le préfet peut moduler le niveau de la réfaction ou le remboursement total de l'aide en fonction de la gravité des anomalies constatées et sur la base d'une circulaire prise en application de cet arrêté.
Pour les anomalies mineures et précisées dans la circulaire, le préfet peut adresser au demandeur une lettre de rappel au règlement ou une lettre l'enjoignant de se conformer aux exigences réglementaires dans un délai déterminé. Dans ce cas, le bénéficiaire devra apporter la preuve de la régularisation opérée à la suite de la mise en demeure.