Le contrôleur fait connaître son avis dans un délai de huit jours à compter de la réception des projets d'acte ou de décision accompagnés des pièces justificatives. Ce délai est interrompu par toute demande, formulée par écrit par le contrôleur, d'informations ou de documents complémentaires, jusqu'à leur réception. En l'absence de réponse de sa part à l'expiration de ce délai, son avis est réputé rendu. Si l'agence ne se conforme pas à l'avis du contrôleur, elle lui en fait connaître les raisons par écrit, ainsi qu'aux ministres chargés de l'environnement, de l'énergie, de la recherche et du budget, dans les quinze jours suivant la décision.