Le conseil scientifique de l'établissement est présidé par le président de l'établissement.
Il comprend, outre son président :
1° Les conservateurs du musée ;
2° Le responsable de la bibliothèque ;
3° Le directeur du Musée national d'art moderne - centre de création industrielle au Centre national d'art et de culture Georges Pompidou ou son représentant ;
4° Quatre personnalités qualifiées françaises ou étrangères nommées, pour une durée de trois ans renouvelable, par arrêté du ministre chargé de la culture.
En cas de vacance d'un siège de personnalité qualifiée, pour quelque cause que ce soit, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir, sauf si la vacance intervient moins de six mois avant l'échéance du mandat.
Ce conseil est consulté sur les questions scientifiques et muséologiques et sur les orientations de la politique culturelle de l'établissement avant qu'elles ne soient soumises au conseil d'administration ainsi que sur toute question qui lui est soumise par le conseil d'administration ou par le président de l'établissement.
Lorsqu'il est consulté sur les projets d'acquisitions de biens culturels prévus à l'article 5, sur les changements d'affectation prévus à l'article 6, sur les prêts et dépôts des biens culturels et les collections dont l'établissement public a la garde ou sur les programmes relatifs aux expositions, il siège dans une formation restreinte aux conservateurs du musée.
Le conseil scientifique se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour. Il se dote d'un règlement intérieur.
Le directeur général assiste aux réunions du conseil scientifique.
Le président du conseil scientifique peut inviter à assister aux séances toute autre personne dont il juge la présence utile.