Au titre de sa mission de tutelle sur les actes des organismes intervenant dans la protection sociale agricole, la mission a notamment compétence pour :
― vérifier la conformité des statuts et des règlements intérieurs des organismes locaux de mutualité sociale agricole en vue de leur approbation par le préfet en application de l'article R. 723-3 du code rural et de la pêche maritime ;
― contrôler l'affiliation et ordonner la radiation des assurés sociaux agricoles, en application de l'article R. 722-37 du code rural et de la pêche maritime ;
― contrôler les délibérations des conseils d'administration des organismes locaux de mutualité sociale agricole relatives à la conclusion de conventions de gestion pour compte de tiers en vertu de l'article R. 723-21 du code rural et de la pêche maritime ;
― contrôler les sociétés d'assurance ou groupements de sociétés, mentionnés aux articles L. 731-31 et L. 752-14 du code rural et de la pêche maritime, habilités à participer à la gestion des assurances maladie, des accidents du travail et des maladies professionnelles des non-salariés agricoles en vertu de l'article R. 731-116 du code rural et de la pêche maritime ;
― contrôler les caisses de mutualité sociale agricole au titre de leur activité relative à la retraite complémentaire obligatoire des exploitants en vertu de l'article D. 732-164 du code rural et de la pêche maritime ;
― contrôler la légalité des décisions prises par les commissions de recours amiable instituées par l'article R. 142-1 du code de la sécurité sociale sur délégation des conseils d'administration des organismes locaux de mutualité sociale agricole ;
― contrôler la légalité sur les décisions prises par le groupement institué par l'article L. 752-4 du code rural et de la pêche maritime en vertu de l'article R. 142-48 du code de la sécurité sociale ;
― contrôler la légalité des décisions des organismes locaux de mutualité sociale agricole en vertu des articles R. 152-2, R. 152-3, du deuxième alinéa de l'article R. 152-4 et de l'article R. 152-5 du code de la sécurité sociale.
La mission est également compétente pour :
― établir d'office un budget ou inscrire d'office un crédit, en cas de carence, en application de l'article R. 153-6 du code de la sécurité sociale ;
― contrôler l'application par les organismes locaux de mutualité sociale agricole de la législation relative au service de l'allocation de solidarité aux personnes âgées, en vertu de l'article R. 815-56 du code de la sécurité sociale ;
― introduire le recours devant la Cour nationale de l'incapacité et de la tarification de l'assurance des accidents du travail en application de l'article R. 143-21 du code de la sécurité sociale ;
― rendre exécutoire l'état des sommes en cas de procédure sommaire dans les conditions prévues à l'article R. 725-20 du code rural et de la pêche maritime ;
― contrôler la légalité des marchés et accords-cadres passés selon la procédure adaptée en application de l'article L. 124-4 du code de la sécurité sociale.