Le conseil scientifique comprend :
1° Dix personnalités scientifiques françaises et étrangères, dont huit au moins sont extérieures à l'établissement, nommées par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la coopération et du développement ; le président du conseil scientifique est nommé dans les mêmes conditions parmi ces personnalités ;
2° Cinq membres élus par les personnels du centre dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la coopération et du développement.
Le mandat des membres du conseil scientifique est d'une durée de trois ans, il peut être renouvelé.
Le conseil scientifique est consulté sur les programmes de recherche et d'études du centre. Il donne son avis sur leur contenu et leurs modalités d'exécution. Il peut formuler toute proposition concernant l'orientation des recherches. Il donne son avis sur la création ou la suppression des départements scientifiques. Il s'appuie sur les évaluations des unités réalisées par l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur. Il établit un rapport annuel qui est présenté au conseil d'administration.
Le conseil scientifique se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président ou à la demande du président du conseil d'administration.