L'incorporation de voies ferrées portuaires dans le réseau ferré national ou le retranchement de telles voies, à la suite de la convention ou de l'arrêté de répartition, est prononcé par décret.
Les terrains faisant l'objet de l'intégration, des incorporations ou des retranchements sont apportés en pleine propriété selon le cas à Réseau ferré de France ou à l'autorité portuaire.
Les transferts de propriété en résultant sont effectués à titre gratuit. Ils ne donnent lieu à aucun versement de la contribution prévue à l'article 879 du code général des impôts ou d'honoraires au profit d'agents de l'Etat ni aucune perception d'impôts, de droits ou de taxes de quelque nature que ce soit.
Un décret en Conseil d'Etat précise les modalités de prise en compte dans les comptes des entités intéressées de l'intégration des voies et accessoires dans leur patrimoine.
L'autorité portuaire se substitue, à la date de l'entrée en vigueur de la convention ou de l'arrêté de répartition, à Réseau ferré de France et à la SNCF dans leurs droits et obligations résultant des conventions de raccordement des installations terminales embranchées sur ces voies. Ces conventions de raccordement sont résiliées de plein droit sans indemnité un an après la mise en oeuvre de la convention ou de l'arrêté de répartition.