Les membres du Conseil national de l'alimentation participent aux séances plénières et aux délibérations.A chaque membre titulaire d'un collège est associé un membre suppléant qui peut participer aux travaux du Conseil national de l'alimentation en cas d'absence ou d'empêchement du membre titulaire. Le membre suppléant peut être appelé à remplacer ce dernier en cas d'empêchement définitif ou de perte de la qualité permettant de siéger. Le membre suppléant ne peut se faire remplacer.
Si un des membres titulaires des collèges a à f mentionnés au 1° de l'article D. 541-3 n'assiste pas, ou ne s'est pas fait représenter par son suppléant, à trois réunions plénières consécutives, il est considéré comme démissionnaire. Dans ce cas, le président peut demander aux ministres auprès desquels il est rattaché qu'il soit pourvu à son remplacement.